1、血常规检查：通过血液成分检测出可引起心肌肥厚的代谢性疾病，如检查空腹血糖，血中肉碱，乳酸盐，丙酮酸，氨基酸浓度等。
2、遗传学检查：进行家族史询问调查，进行基因检查，明确是否存在基因突变，并协助判断预后及指导治疗。
3、心电图检查：心电图是有效又无创的检查，可提示左心室肥厚，ST段下降，T波倒置，左房肥大，异常Q波，QT间期延长，少数出现预激综合征或其他室内传导阻滞图形。大多数患儿心电图明显异常。
4、超声心动图：超声心动图检查对诊断肥厚型心肌病具有重要意义。超声心动图的主要表现为：
（1）室间隔厚度异常增厚
（2）左室流出道梗阻及压力阶差，收缩起始时室间隔与二尖瓣前叶的距离明显缩小。
（3）SAM现象阳性。
（4）主动脉瓣变化。
（5）心功能改变，左心室射血分数下降。
5、心导管检查：是一种介入性导管检查，可以了解心脏血流动力学的变化，辅助诊断。
6、体格检查：体检示心尖搏动增强，胸骨左缘可闻及3~4/6级收缩期喷射性杂音，蹲踞时杂音减轻。有时可闻及心律失常(早搏、心动过速或过缓)、奔马律。
7、放射性核素检查：201铊心肌扫描可示室间隔及左室后壁增厚，心室腔变小，有时可见充盈缺损和清除延迟。99mTc扫描可示心室腔变形。血池显像技术可示心肌病变及心室功能。