沙眼衣原体结膜炎和沙眼衣原体肺炎选用大环内酯类抗生素进行治疗，早发现、早治疗。将局部用药和全身用药结合起来，可减少并发症，避免留下后遗症。
一、药物治疗
1、全身用药：
（1）红霉素：衣原体结膜炎和衣原体肺炎首选红霉素，口服困难或重症可静脉用药，不良反应多见，如腹泻、恶心、呕吐等。
（2）阿奇霉素：阿奇霉素具有吸收好、易进入细胞内、不良反应少等优点，但3个月以下患儿慎用。
2、局部用药：
（1）0.1%利福平眼药水：应注意是否有过敏反应，局部用药如不能肃清鼻咽部沙眼衣原体，可再次发生感染。
（2）10%磺胺醋酰钠眼药水：偶见眼睛刺激或过敏反应，如发现眼睛发红、疼痛等情况应紧急停药，并向医生咨询。
（3）0.5%红霉素眼膏：偶见眼睛疼痛，视力改变，持续性发红或刺激感等过敏反应，应在医生指导下使用。
二、手术治疗
该病一般无需手术治疗。