小儿急性中毒性脑病病因尚未明确，多发生于细菌性或病毒性感染的发病过程中，是各种感染、中毒性疾病危重的并发症，如重金属、农药和一氧化碳，导致神经系统受到损害。0~3岁儿童多见，可因免疫力低下等因素所诱发。
一、主要病因
1、感染：感染性疾病如重症肺炎、重症伤寒、肾综合征出血热等，由于病原体感染产生毒素引起脑血管微循环障碍，影响脑组织供血供氧，引起脑组织病变。
2、毒物：短期内接触大量能够损伤中枢神经系统的毒物，如重金属、农药和一氧化碳等，毒物可引起脑血管痉挛，引起脑缺血、缺氧，或直接作用于脑组织细胞，导致一系列如头痛、呕吐、抽搐或昏迷等神经系统症状。
3、药物：儿童容易将药物误认为糖果而大量误服，药物包括胺碘酮、地西泮等，有的药物可以通过血脑屏障，过量使用可直接对脑细胞产生毒性作用；有的药物对成人影响不大，但会影响儿童生长发育。
二、诱发因素
1、免疫力低下：小儿免疫力低下时，对病原体的抵抗力下降，容易发生病原体感染，继发本病。
2、误食药物：小儿容易把药物误认为是糖果而误食，而很多药物对大脑有直接损害作用。
3、长期接触毒性环境或者吸入毒性气体：小儿抵抗力弱，如居住在化工厂附近，长期接触毒性环境或者吸入毒性气体，损伤中枢神经系统。