孕妇患有乙肝小三阳可以通过以下方式进行处理：
如果是乙肝小三阳，也不用担心，要到感染科进行检查，做乙肝DNA、肝功能、腹部彩超等相关的检查，以确定肝功能是否正常。如果病情比较眼红，需要进行药物的抗菌治疗，也可以通过口服替诺福韦进行药物的抗菌治疗。新生儿在12个月之内要进行规范的阻断，同时要在12个小时之内进行乙肝疫苗和乙肝有效免疫球蛋白。