遗传因素由于受到遗传基因的印象，或者在受精过程中造成了基因突变，而导致先天性的阴茎短小。包皮过长，过长的包皮，让阴茎缺乏必要的生长环境，阻碍了阴茎的发育。体寒虚弱身体长时间虚弱，造成怕冷，体内阳气严重不足，只是阴茎不能够完全的凸出，有一部分仍内缩于腹腔内。后天主要是因为睾丸萎缩引起的，另外长期从事微波高温放射性等工作，会对睾丸有一定程度的辐射。