治疗精子缺陷率较高的常见方法包括多种手段，比如使用抗生素、皮质激素治疗、内分泌治疗、手术治疗、针对前列腺炎症进行治疗。
1、针对生殖道和生殖腺体的病原微生物感染所致精子畸形高的患者，可考虑使用抗生素进行治疗，并在条件允许的情况下进行药敏试验，以为正常熏衣抗生素提供科学依据。然而，若时间过长，可能会导致精子的形态发生异常，或者进一步恶化畸形情况。
2、在明确存在免疫因素的情况下，皮质激素治疗是一种可行的选择，例如使用强的松来进行治疗。
3、针对原因不明的精子畸形，可以采用内分泌治疗并辅以药物，以促进精子的活动能力。根据少精子症的治疗方案进行参考。
4、对于因精索静脉曲张引起的精子畸形患者，手术治疗是一种可行的选择，可以采用中西药物进行治疗。
5、在治疗前列腺炎引起的畸形精子症时，首要任务是针对前列腺炎症进行有效的治疗。