阴茎有点疼可能是因为阴茎内部有炎症，也有可能是因为尿道炎，前列腺炎等疾病导致的。阴茎是男性重要的外生殖器官，前列腺和阴茎根部相连，所以当前列腺腺体有炎症的时候，会导致阴茎出现疼痛的现象。另外尿道从阴茎内部通过，尿道出现炎症充血改变的时候，也会出现阴茎里面有点疼痛的现象。建议可以上医院做泌尿系彩超，小便常规，前列腺液常规检查，有助于明确病因。