藿香正气水是临床上比较常用的一种中成药，具有解表散寒、化湿和中等作用。根据临床药理表明，藿香正气水有一定的抗菌消炎的作用，对于真菌也有一定的抑制作用，所以可以用于治疗灰指甲。但是单一用藿香正气水治疗灰指甲，疗程长而且很难彻底治愈，建议最好是配伍一些抗真菌的西药，比如特比萘芬片等。灰指甲治疗周期特别长，而且还具有传染性，需要系统的进行治疗。