阿昔洛韦凝胶主要用于治疗单纯疱疹、生殖器疱疹、带状疱疹等，这些病毒是单纯疱疹病毒感染引起的。而扁平疣是由人乳头瘤病毒病毒引起的，所以阿昔洛韦对扁平疣的治疗效果不是太好，或者是几乎没有作用。扁平疣的治疗外用药物可选用干扰素喷剂、咪喹莫特、斑蝥素、维A酸乳膏等。扁平疣数量较多者，可以配合口服或者注射提高机体免疫力的药物治疗。