化脓性甲沟炎多需手术治疗，纵行切开甲后皱襞，清除脓液，并视感染范围切除部分或全部指甲，也可用药物进行保守治疗，常用的药物有鱼石脂软膏等。
一、药物治疗
化脓性甲沟炎早期可用热敷、理疗、外敷鱼石脂软膏或金黄散等，应用碘胺药或抗生素，例如青霉素、阿莫西林。如有白细胞明显升高，或有畏寒、发热等症状，可静脉使用抗生素抗感染治疗。
二、手术治疗
1、纵行切口切开引流：化脓性甲沟炎多需手术治疗，已有脓液的，可在甲沟处作纵行切开引流，清除脓液。感染已累及指甲基部皮下周围时，可在两侧甲沟各作纵行切口，将甲根上皮片翻起，切除指甲根部，置一小片凡士林纱布或乳胶片引流。
2、拔甲术：如甲床下已积脓，应将指甲拔去，或将脓腔上的指甲剪去。拔甲时，应注意避免损伤甲床，以免日后新生指甲发生畸形。
三、其他治疗
1、超短波疗法：可应用于消炎辅助治疗，对急性亚急性炎症效果好。特别对化脓性炎症疗效显著，早期应用可使炎症加速消退不致化脓，当已有组织坏死时使用则可使炎症局限化，加速脓肿成熟、破溃；在破溃或切开引流畅通情况下应用，可促使坏死组织脱落及肉芽组织生长，从而加速伤口愈合。
2、红光疗法：可以增加细胞的新陈代谢，加速细胞新生，促进伤口和溃疡的愈合；同时也增加白细胞的吞噬作用，提高机体的免疫功能，促进创口的愈合。