女性支原体衣原体感染可直接在患处采集标本，采用直接涂片法检测，也可用组织培养法检测。目前血清学检查是临床上常用的诊断方法，常采用直接免疫荧光法，方便、快速，广泛应用于临床，可用尿液、阴道分泌物或宫颈拭子等方法做标本涂片检测。还有酶联免疫吸附法、血清特异性抗体检测等方法。另外，女性支原体衣原体感染还要结合血常规、尿常规、X线或CT等影像学检查。