衣原体肺炎的症状和临床表现一般比较隐匿，早期表现为上呼吸道感染的症状，例如鼻塞、流涕、咽痛、咽干等症状。以支原体肺炎能颇为相似，通常的症状比较轻，可伴有发热、寒颤、肌肉痛，咳嗽无痰、胸痛、头痛、不适、乏力。一小部分人，还有咯血，发生咽喉炎者表现为咽喉痛，声音嘶哑。有些病人可表现为双节段病程，开始表现为咽炎，经对症处理后好转，1-3周后又发生肺炎或者是支气管炎，可表现为咳嗽加重无痰，有些感染者还可以没有症状。