癌胚抗原主要用于消化道恶性肿瘤的筛查以及辅助诊断癌胚抗原对于结直肠癌的诊断敏感性最高大约有80%的结肠癌患者，会出现癌胚抗原的升高，可以高于正常值的十倍以上。在消化道的其他恶性肿瘤中，胃癌，胰腺癌以及食管癌等也可以出现癌胚抗原的升高(+)率可以达到百分之50-70%。此外，在一些非肿瘤性的疾病中，也可以出现癌胚抗原的升高，比如。肠息肉，溃疡性结肠炎，胰腺炎等也可以出现排位抗原的升高。