颅内有脂肪瘤一般来说没有任何的临床症状，但是有少部分的颅内脂肪瘤可能会刺激脑组织引起癫痫发作，这也是最常见的症状。此外如果是特殊部位的脂肪瘤，会引起一系列的症状，如果堵塞脑脊液循环通路，会造成脑积水，引起头痛、恶心、呕吐，不治疗可能会导致积水越来越重，引起昏迷，死亡的可能。位于桥小脑角区的脂肪瘤，会出现耳鸣、听力下降等。位于丘脑、脑干时，会导致出现肢体瘫痪、麻木、大小便障碍，不治疗症状会越来越重。位于蝶鞍区会出现视力下降、内分泌紊乱症状，不治疗会引起双眼失明。