食管良性肿瘤的治疗方法通常是以手术治疗为主，食管良性肿瘤表面可有鳞状上皮覆盖，有恶变倾向。除食管良性肿瘤较小或年老体弱患者可以定期随访外，一般均需要进行手术治疗。
多数患者可以行食管黏膜外肿瘤摘除术，术中应注意保护食道黏膜。对于巨大的食道平滑肌瘤或合并有食管溃疡的患者，可行平滑肌瘤以及食管切除，同时进行胃部重建食管。