家族性甲状腺非髓样癌患者需要根据病情严重程度进行长期持续性治疗，药物治疗包括甲状腺素片抑制治疗以及放射性核素治疗，同时可针对无法接受其他治疗的患者进行化学药物治疗，部分患者可通过放射治疗改善。重症患者可通过全甲状腺切除加淋巴结清扫进行治疗。
一、药物治疗
1、放射性核素治疗：甲状腺组织和分化型甲状腺癌细胞具有摄碘131的功能，利用其发射出的射线的电离辐射的生物效应可以破坏残余甲状腺组织和癌细胞，从而达到治疗目的。包括清除甲状腺癌术后残留甲状腺组织和治疗甲状腺癌转移病灶。
2、抑制治疗：甲状腺癌作近全切或全切除者应终身服用甲状腺素片或左甲状腺素，以预防甲状腺功能减退。
二、手术治疗
1、部分重症患者可通过全甲状腺切除改善。
2、预防性中央区淋巴结清扫术：可在进行全甲状腺切除术后进行淋巴结清扫，适用于肿瘤直径大于1厘米或可能存在淋巴结转移灶的患者。
三、放射治疗
乳头状腺癌、滤泡状腺癌患者，手术后可进行预防性核素内放疗，适于45岁以上，多发性癌灶，局部侵袭性肿瘤淋巴结转移较广泛及有远处转移者。未分化型甲状腺癌患者术后可进行放疗。
四、化学药物治疗
主要适用于无法手术、接受放射性碘治疗后发生复发和转移的患者，也可作为肿瘤分化程度差或未分化患者术后的辅助治疗，常用药物有氟尿嘧啶、顺铂、阿霉素，但化疗有明显副作用，如恶心、呕吐、骨髓抑制、口黏膜毒性、心律失常、心衰等，效果不是很理想。