混合性结缔组织病，大多数患者预后相对良好，但是也有的患者症状比较严重，预后比较差，这类患者主要是合并严重的肺动脉高压，并且进展迅速，患者可能出现很快在短时间内死亡。
混合性结缔组织病患者最常见的死亡原因是进展性肺动脉高压和心脏并发症，另外，长期治疗时，患者可能会出现感染，甚至危及生命，对于大多数混合性结缔组织病患者来说，五年生存率超过90%，也就是说，五年以上的存活率超过90%，十年生存率在82%以上。如果患者出现肺、肾、心脏等重要脏器受累，预后相对较差。