厌氧菌感染导致的各种疾病，临床上常用的药物有咪唑类抗生素、林可酰胺类、青霉素等。如果确诊为厌氧菌感染，首先要做的就是进一步的检查，明确细菌的种类及致病部位，在医生的指导下使用药物进行治疗。千万不要擅自使用药物，否则药物没有对症下药，或者是没有正确的剂量，这样不但不能治病，还会对人体造成其的伤害。
1、咪唑类抗生素：甲硝唑片、替硝唑片、奥硝唑片等，是一种比较常见的治疗厌氧菌感染的药物。
2、林可酰胺：有厌氧菌感染的病人，可以服用盐酸克林霉素胶囊和软脂酸酯分散片。
3、青霉素：如阿莫西林胶囊、青霉素V型钾片、氨苄西林胶囊等，对厌氧菌的感染也有一定的作用。
以上药物都可以应用于脑脓肿、脑膜炎、口腔感染、鼻窦炎、中耳炎、脓胸、肺炎等疾病的治疗，也可以应用于膀胱、尿道炎、子宫内膜炎、输卵管炎、胆囊炎、阑尾炎、肝脓肿、肠道手术或创伤后伤口感染等。