对眼部长小肉粒的治疗方法主要包括药物治疗和物理治疗：
药物治疗方面，如果是由于免疫力低下导致人乳头瘤病毒感染引起的扁平疣，可以在医生指导下使用维A酸软膏、咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏等进行治疗，以改善眼部长小肉粒的情况。
物理治疗方面，如果眼部长小肉粒是由于粟丘疹所致，可以采取电灼疗法、激光消融术等物理方法治疗粟丘疹，达到消除眼部病变的目的。
总之，对于眼部长小肉粒的治疗，应根据病因采取针对性的药物或物理治疗，在医生指导下选择适宜的治疗方案，以期达到改善或消除眼部病变的效果。药物治疗可使用特定药膏，物理治疗可采取电灼、激光等方法，综合运用这些治疗手段，可以提高眼部长小肉粒的治疗成功率。