两只眼睛大小不一的可能原因有：
1.遗传因素导致的先天性眼睛大小不同，属于正常现象，不需要特殊治疗。
2.感染所致眼睑腺炎，可导致眼睛红肿热痛并出现大小不同，需要用抗菌药物滴眼液治疗。
3.泪囊炎，由于泪道堵塞导致细菌积存于泪囊，可引起眼睛一侧肿胀，需要用抗生素治疗或手术治疗。
4.先天性青光眼也可能导致眼压升高进而引起眼睛大小不等。
5.重症肌无力和肾脏疾病等系统性疾病也可能间接引起眼睛大小不同。
需要进行必要的眼科和系统性检查，明确病因后再行针对性治疗。不宜盲目治疗。