对内眼睑上长小水泡的原因可能有以下几种：
1.睑裂斑：眼睑黏膜长期受紫外线照射刺激，导致睑裂斑形成，眼睑内出现小结节。轻症可暂不治疗，重症可通过手术切除。
2.细菌性结膜炎：眼部卫生不良导致葡萄球菌感染，引起结膜炎。可使用抗生素眼药水治疗。
3.病毒性角膜炎：病毒感染导致角膜组织损伤，出现眼睑肿胀、异物感、视力下降等。可用抗病毒药物治疗。
4.带状疱疹感染：可根据病因选择适宜治疗方法。
总之，应根据症状判断可能的病因，然后选择合适的治疗方法，包括用药治疗或手术治疗。治疗过程中要遵医嘱，定期复查。