瞳孔颜色不同的原因在于：
瞳孔本身并不具有颜色，它是一个洞，不存在颜色差异问题。导致人眼颜色差异的原因在于虹膜的颜色不同。虹膜是瞳孔周围的一层膜状结构，有蓝色、绿色和褐色三种基本色素。虹膜中色素含量不同会导致其颜色深浅不同，从而形成人眼颜色的差异。一般来说，色素越多，虹膜越深色；色素越少，虹膜越浅色。
不同人群虹膜主要色素不同，如以蓝色和绿色为主的人群眼睛呈现蓝、绿等颜色，以褐色为主的人群眼睛常为深褐色。但虹膜颜色对视力和视光效果没有明显影响。所以，瞳孔颜色不同的根本原因是虹膜中色素含量的差异，而非瞳孔本身。瞳孔作为一个洞，不具有颜色。只有周边虹膜的颜色才导致眼睛外观颜色的差异。