全飞秒激光手术失败可能会导致干眼、眩光或者夜视力下降等问题。干眼是由于手术过程中切断传入的神经纤维引起的，会导致基底部的泪液分泌减少，以及角膜形态改变，出现干眼的情况。眩光是因为全飞秒激光手术失败导致外界的光线进入眼内较多，进入眼内的光线行走的时间正常，会影响光线在眼内成像的质量，从而出现眩光的情况。
夜视力下降是由于手术刺激角膜反应性水肿，引起一过性视力模糊，可随着角膜水肿的消失而逐渐改善。全飞秒激光手术后，患者需要3-6个月的时间才能使角膜完全愈合，这段时间内建议患者避免用眼过度，而且应注意眼睛休息，避免熬夜。