孕酮低会胎停，因为卵子与精子结合形成胚胎需要孕酮，在生育过程孕酮帮助刺激子宫变化，而且可以增加生殖系统血管和组织血流，然后促进胚胎发育，如果孕前期孕酮水平大幅下降，可能容易使未在子宫着床稳定的胚胎停止发育，而在胚胎异常（唐氏或其他染色体异常的胚胎）的情况下，胚胎分泌激素会不足，孕酮也会很低。