甲状舌管囊肿属于一种发育相关的疾病，是指在胚胎发育期间，在甲状腺至舌盲孔向甲状软骨两侧下降、退化的过程中，部分上皮细胞未彻底退化并保留在组织中而产生的一种先天性的囊性的病变。
因此，可以很好地解释为什么会出现在小孩、青少年阶段，由于其自身原因，可能是由于胚胎的一个变性器官没有完全变性而引起的。在小孩出生之后，或者是刚出生的小孩，或者是青春期，这个未完全退化的组织会继续发育，从而产生甲状舌管囊肿。
相反，在成人，特别是上了年纪的人身上，很少会出现甲状舌骨囊肿。