治疗胃窦毛细血管扩张，首先要弄清病因，然后对症治疗。引起胃窦毛细血管扩张的病因复杂且较多，通常伴随全身系统性疾病，如肝硬化、慢性肾功能衰竭、自身免疫性疾病等。治疗方法有：
第一种是内窥镜下注射硬化剂，热探头，以及雷射。
第二种是柳氮磺胺吡啶，盐酸赛庚啶比如泌等的药物疗法。
第三种是手术疗法，例如在内窥镜和内窥镜的帮助下进行的。