小肚子不舒服的原因可能与妇科疾病、消化系统疾病有关：
胃肠功能紊乱、肠胀气、肠炎、肠痉挛、肠系膜淋巴结肿大等消化系统疾病，急慢性盆腔炎、宫外孕、发性子宫肌瘤、卵巢囊肿等妇科疾病，都可能会导致患者出现小肚子不舒服的症状。
建议患者及时前往医院就诊，通过检查明确具体的病因后，在医生的指导下进行针对性治疗。