在巴氏腺囊肿初期，可以服用一些抗感染的药物，比如头孢克肟分散片、头孢克肟咀嚼片等，可以配合甲硝唑进行抗感染。还可以配合局部坐浴，或者是服用一些清热解毒的中药来治疗。巴氏腺囊肿在服用药物的过程中，要注意观察，如果没有明显的改善，导致局部肿胀、疼痛、行走困难，甚至出现了不稳定的症状，这种情况下不能再服用药物。必须通过外科手术切开引流，否则会导致持续的疼痛，从而影响到工作和学习。