一般情况下，怀孕5周肚子隐隐作痛可能是先兆流产、胃炎、肠炎等原因导致的。建议及时就医，查明病因，对症治疗。具体情况分析如下：
怀孕5周如果肚子疼，要排除先兆流产和宫外孕的可能。如果伴有阴道出血，有可能是先兆流产，建议去医院检查孕酮、血绒毛膜促性腺激素水平，同时做彩超检查，排除宫外孕；另外还有一些消化道疾病，如胃炎、肠炎等，常伴有腹泻、恶心、呕吐等症状。排除这些可能，需要考虑是生理性腹痛，比如宫腔痉挛。