一般情况下，如果同房三天查出怀孕，有可能是上次月排卵期的时候同房怀孕的，具体内容如下：
如果在来例假期间有少量的出血，就会被误认为是例假。这是因为有预兆的流产导致的。女性如果在同居三天后，精液和卵子的结合不会在子宫中着床，那么就不会发现怀孕，需要进行B超，确定妊娠囊肿的部位，根据B超来确定胎儿的尺寸，确定怀孕的时间。