一般情况下，新生儿衣原体感染会有呼吸道症状、结膜不适等症状表现。
1、呼吸道症状：新生儿衣原体感染主要出现呼吸道症状，如发热、咳嗽、咳痰、咽部不舒服、重症肺部感染，也可能出现呼吸困难和呼吸衰竭。
2、结膜不适：结膜分泌物初为浆液性，很快变成脓性，眼睑水肿明显，结膜充血显著并增厚，严重的可能也会影响视力。