通常情况下，检查卵巢囊肿的最佳时间是月经干净后两三天。具体情况分析如下：
检查是否有存在卵巢囊肿，最佳的时间为月经干净后两三天，因为在这个时间段检查，此时还没排卵，黄体还未形成，可以鉴别是卵巢囊肿还是生理性的黄体囊肿，其他时间检查，如果有也可能只是存在生理性的黄体囊肿，黄体囊肿在月经来了之后可能会自己消失，所以患者可以在月经干净后两到三天做检查，能对生理性的黄体囊肿进行区分。