慢性扁桃体炎的危害主要是会导致肾病、全身性疾病，甚至会出现淋巴瘤。
慢性扁桃体炎很容易会使咽部出现分泌物，而且还不容易咳出。炎症可向周围扩散，最常见的是扁桃体周围脓肿；向上可引起急性中耳炎、鼻炎、鼻窦炎；向下引起急性喉炎、支气管炎、肺炎等。扁桃体肥大导致睡眠时呼吸障碍，如果同时有腺样体肥大，会出现打鼾，严重时有憋气缺氧，睡眠不安。
慢性扁桃体炎可以去医院的耳鼻咽喉科进行检查就诊，要结合临床症状，专科检查，辅助检查来明确诊断以及有无手术指征。