两者没有好坏，适应症不一样。
尿毒清颗粒主要的作用为：通腑降浊、健脾利湿、活血化瘀，主要用于中医表现为脾虚湿浊症和脾虚血瘀的患者。而金水宝胶囊是一种虫草制剂，比较适合于尿量增多的间质性肾炎，即中医认为的肾气不足。它对于糖尿病肾病的患者，或者慢性肾衰竭甚至尿毒症进行透析的患者，都有比较明确的较好的治疗效果。
建议如果有明显的脾虚湿浊内阻表现（如食欲差、大便不通、恶心、呕吐等），可以两者一起服用，其他情况，需要对症服药。