儿童功能性消化不良可以服用药物治疗。
如果是饮食不当造成的消化不良，可以在医生的指导下服用促进胃肠蠕动的药物，例如健胃消食片，如果儿童出现胃胀、胃痛并伴有恶心、呕吐的症状，可能是急性胃肠炎，可以在医生的指导下服用阿莫西林胶囊，还可以对腹部进行按摩，可以缓解消化不良的症状。
饮食上不要吃辛辣刺激性的食物，可以吃一些鸡蛋羹、山药等易消化的食物。