造成房间隔缺损的原因由多种基因和环境因素相互作用形成。
基因指的是父母的遗传基因，而环境因素包括宫内感染、辐射暴露、代谢紊乱、缺氧和药物。感染是指怀孕前三个月的病毒感染或细菌感染，尤其是风疹病毒，然后是柯萨奇病毒。先天性心脏病和房间隔缺损的发病率会更高。其他包括胎儿压迫、先兆早产、产妇营养不良、产妇糖尿病、高钙血症、辐射损伤和细胞毒性药物损伤。
房间隔缺损面积比较大，而且症状还特别的明显，就需要在医生指导下，通过手术的方法来进行治疗，能够使症状尽快得到改善。