预防肛瘘术后疤痕首先要在医嘱下使用抗生素药物治疗。
抗生素药物能起到抗炎和抗感染的效果，而且还能使伤口部位尽快愈合，需要在手术之后通过静脉滴注抗生素药物缓解症状。并且还需要注意伤口处的卫生和清洁，每次在大便之后要用温开水进行清洗，减少细菌增生，才能避免感染和疤痕出现。
也可以在医生指导下通过使用淡化疤痕的药膏，涂抹在肛门上面，能避免疤痕增生现象，对于疤痕体质患者，要减少手术的次数。