胆管结石有很多危害，最常见的就是胆系感染和胆道梗阻；胆系感染和胆道梗阻。
胆管结石有胆总管内存在结石，往往引起腹痛或者是胆汁引流不畅，最后导致发热、黄疸，严重的可以引起胆管炎和化脓性胆管，甚至引起逆行感染到肝内胆管，引起肝内的一些急性炎症，还可以引起胆管结石，引起胆汁逆流入胰管，引起急性胰腺炎，或者是胆汁引流不畅胰管内压增加，胰液引流不畅引起急性胰腺炎，这些情况在临床上都是十分危重的，是一些极危重症。
应当在胆管结石病症早期，都应该及时去三甲医院微创外科进行干预治疗，不然到后期治疗较为复杂，严重影响生存期，5年生存率不适合过30%。