电子结肠镜的检查过程是从肛门插至检查镜进行检查，在检查前一定要清空肠道。
具体的方法是在检查前1天，进食含渣少、易消化的食物，比如面条、稀饭，不能进食含根茎多的食物；在检查前10小时，需要服用泻剂来清空肠道，常用的泻剂有复方聚乙二醇，乳果糖口服液，甘露醇和磷酸钠盐等，这些药物均需要服用2次以上，2次间隔4小时左右，然后大量的喝水以促进大便的排出。当大便拉至清水样、无渣时，说明肠道准备充分了。
检查前三天不要吃粗纤维的食物。