一般的结肠炎治疗主要分中药和西药。
急性肠炎、慢性肠炎，还有一些特殊的肠炎，治疗的办法是不同的。治疗原则，增强机体免疫力，注意饮食，药物治疗，如静脉的、口服的、灌药治疗。一般的治疗办法就是这些。急性肠炎基本上就是输液治疗，补液就可以了。慢性肠炎治疗起来比较复杂。目前还主要是靠中医中药治疗，口服有益菌，中药灌肠治疗。
建议积极地配合治疗医生对症治疗，坚持用药，以达到治愈为目的。

原则上应尽早控制疾病的症状，促进缓解，维持治疗，防止复发，防治并发症和掌握手术治疗的时机。