肛门发黑的原因主要是由于该部位黑色素沉着形成的。
肛门周围皮肤发黑是很正常的，正常情况下人体内黑色素的产生与性别，年龄，身体健康状况等有关。通常情况下，婴幼儿，青少年期，老人，女性，其黑色素产生相对较少。而青壮年男性，育龄妇女黑色素产生相对较多。所以青壮年男性和育龄妇女，其肛门颜色就会更黑一些。经历过这个生理时期后，其黑色大部分会消退。因此，如果没有其它症状，仅仅是黑的话，有可能是生理性的。
不必太过于担心，一般这种情况是不会影响身体健康的，建议平时饮食以清淡为主，不要吃一些刺激性食物，要注意好个人卫生，保证皮肤干燥与清洁。