肛瘘不能自愈。
肛瘘是通过手术才能治愈的疾病，主要原因是肛瘘合并脓肿时，会急性产生脓性反应，通过用药或排脓的方法可得到暂时缓解，但瘘道错综复杂，这种病是难以治愈的，因为只要是肛瘘就存在原发性内口，就会从内口不断进入致病菌，经常产生化脓、感染。轻微肛瘘手术起来比较简单，直接把肛瘘切开，慢慢长好就行了。
建议发现后，在身体及时间条件允许时，尽早进行手术。肛瘘可通过注意个人清洁、注意特殊疾病的方式，进行早期预防，效果较好。