精子畸形主要治疗方法有：药物治疗和手术治疗。
生殖器感染引起的，使用中西医结合抗炎治疗、支原体或衣原体感染引起的选择四环素类药物抗感染；若是精索静脉曲张引起的，临床选择高位静脉结扎保证精子生成的营养物质供应，配合药物纠正精子产出内环境；如果不想长期用药，可以选择试管婴儿。
建议治疗同时配合抗氧化药物如维生素C和维生素E，加快纠正精子畸形。