精子畸形根据不同的致病因素分为药物治疗、手术治疗和体外受精等方法。
一、药物治疗：①如果是泌尿生殖系统感染导致的，可以使用抗生素类药物持续用药，②如果是溶脲脲原体感染引起，可以使用抗生素类、四环霉素类药物进行治疗。二、手术治疗：若是精索静脉曲张引起的可以选择高位精索静脉结扎手术。三、体外受精：如果不想长期的调整，条件允许的情况下还可以进行体外受精-胚胎移植术。
以上治疗的同时，建议配合抗氧化药物，可以加快治疗速度降低畸形精子率。