精子畸形治疗分为药物和手术。
一：常规药物选择抗生素，四环素类，是针对生殖器炎症或溶脲脲原体感染导致精子畸形的有效方法。二：微创手术高位结扎精索静脉，可以治疗精索静脉曲张引起的精子畸形。三：如果不想长期用药，可以分离正常形态的精子进行试管婴儿。
建议治疗期间戒烟戒酒，同时配合抗氧化药物，加快纠正畸形。