病情评估：巴贝虫感染性疾病的严重程度可以从无症状或轻度发热到危及生命，大多数无症状。其治疗周期较短，一般1~3个月即可，分一般治疗和抗病原治疗，有严重感染症状及时对症治疗，并且治疗期间应注意卧床休息，补充足够营养和能量。
一、一般治疗
1、有症状者应卧床休息，注意营养。
2、有发热者可用酒精、冰敷等物理降温或药物进行解热处理。
3、有贫血或溶血者可给予输血。
4、若有肾功能衰竭者，可行血液透析疗法，对于危重患者可行换血疗法较好。
5、高龄患者、无脾患者、其他免疫缺陷者或病情严重者可能需要更长期的治疗以根除寄生虫。
二、药物治疗
1、抗病原治疗：
（1）对于免疫功能正常的轻中度患者，可联合使用阿托伐醌和奎宁，3个月内血液里寄生的虫体可完全被清除。
（2）奎宁联合克林霉素，本方法在临床上常被用于治疗本病，通常在爆发性巴贝虫感染时使用，最常见的副作用为奎宁引起的金鸡纳反应即中毒和腹泻。
（3）阿托伐醌联合阿奇霉素，该方法与奎宁联合克林霉素疗效相同，适合中到重度无法耐受奎宁联合克林毒素方案的患者。
2、对症治疗：解热镇痛药物(布洛芬、对乙酰氨基酚等)，高热、疼痛严重者可予以解热镇痛药物，主要是减轻症状，并能根除病因。
三、手术治疗
此病一般无手术治疗。