您描述的症状可能与多种原因有关。
首先，可能是尿道下裂等先天性畸形导致的疼痛。
其次，阴茎硬结症也可能引起类似症状，这种情况下阴茎内会有硬化的斑块。
此外，前列腺炎或附睾炎等炎症性疾病也可能导致勃起时根部疼痛。
建议您及时到泌尿外科就诊，医生可能会进行详细的体格检查、超声波检查或实验室检验来明确病因。
在等待就医期间，请避免过度性刺激，并注意个人卫生。
如果是心理因素引起的症状，也可以考虑寻求心理咨询师的帮助。
总之，这种情况可能涉及复杂的医学问题，建议尽早就医以获得准确的诊断和治疗。