宝宝晚上睡觉时翻身惊醒可能与以下几个原因有关：
睡眠习惯尚未稳定：三个月大的婴儿正处于睡眠模式的形成阶段，可能会因为浅睡眠状态而容易被动作或环境变化唤醒。
生理需求未得到满足：饥饿、尿布湿了或者过热/过冷都可能导致宝宝不适而惊醒。
环境因素干扰：噪音、光线过亮或突然的动静可能影响宝宝的睡眠安全感。
骨骼发育阶段：翻身时的肌肉抽动或骨骼生长带来的轻微疼痛也可能导致宝宝惊醒。
潜在的健康问题：如疝气、胃食管反流等疾病可能引起不适，建议观察是否有其他异常症状。
建议采取以下措施：
确保宝宝睡前吃饱且尿布干净
提供一个安静、恒温（约25-28℃）的睡眠环境
在宝宝睡着前进行轻柔的按摩或白噪音安抚
观察宝宝白天是否有异常哭闹或其他症状，必要时就医检查
随着宝宝逐渐长大，这种情况会有所改善。如果问题持续或加重，请及时咨询儿科医生。