您好！关于您提到的宝宝囟门闭合且凹陷的问题，我理解您的担忧，请不要过度紧张，我会为您详细解答。
首先，婴幼儿的囟门闭合时间因人而异，通常在1岁到2岁之间闭合属于正常范围。如果您的女儿3岁才闭合，这可能稍微偏晚，但并不一定意味着有健康问题。
关于头顶凹陷的情况，这可能是由于多种原因引起的，比如正常的头骨发育、外伤史或感染等。建议您观察宝宝是否还有其他异常表现，如发热、哭闹不止、食欲不振等症状。
如果宝宝没有其他不适症状，并且生长发育指标正常（如身高、体重达标），那么这种情况可能属于生理性凹陷，无需过分担心。
但为了安全起见，我建议您尽快带孩子到儿科或儿童骨科专科就诊，进行详细的体格检查和必要影像学评估，以排除颅内压异常或其他潜在问题。
日常生活中，请注意观察宝宝的囟门区域是否有红肿、发热等情况，避免让宝宝受到外力撞击。同时，保持均衡营养，有助于宝宝骨骼的正常发育。
希望我的解答能帮助到您，祝您的宝宝健康成长！