萎缩的病因应考虑为先天性肾发育不全或末期肾病的肾萎缩及肾血管疾病。肾萎缩可见于先天性肾发育不全及有胶原和钙质沉着或某些急性病变，如：急性肾小球性疾病、糖尿病性肾硬变、肾移植排异、慢性肾小球肾炎、肾皮质坏死、Alport综合征、急性肾小管坏死、高血压性肾硬化。局灶性或弥漫性肾实质解剖的破坏见于任何肿块性病变（如：囊肿、肿瘤、脓肿和血肿），局灶性肾盂肾炎，实质瘢痕（如肾梗死或萎缩性肾盂肾炎），婴儿型多囊肾，慢性肾盂肾炎或损伤等病变。肾血管性疾病所致肾萎缩可由以下几种疾病所致：动脉内膜疾患、外伤、恶性病变或心脏疾病所致的栓塞。